1) Отделить js библиотеки от внутренних скриптов и поместить в эту директорию (js/lib/).
2) Разобраться либо с именованием скриптов, либо с их расположением, так как надо разделить скрипты, используемые
   в разделе системных настроек, и скрипты из разделов настройки портала.